Fungsi Seksyen Epidemiologi dan Kawalan Penyakit secara khususnya mengikut Unit adalah seperti berikut:

1. Unit Epidemiologi dan Survalen

• Merancang, menyelaras serta melaksanakan program-program epidemiologi dan survalen.
• Melaksanakan program persampelan untuk survalen penyakit.

2. Unit Kawalan dan Pembasmian Penyakit

• Merancang, menyelaras dan melaksanakan program kawalan dan pembasmian penyakit.
• Melaksanakan aktiviti pelalian pada ternakan.
• Menyelaras dan menjalankan program pembasmian penyakit dan wabak.

3. Unit Kawalan Import/ Eksport
   • Memeriksa maklumat permohon dan melulus permit perjalanan untuk pergerakan ternakan.
   • Mengeluarkan sijil kesihatan veterinar kepada ternakan.
4. Unit Kawalan Biologik dan Drug Residue
   • Menyelaras dan melaksanakan kawalan biologik.
   • Melaksanakan persampelan drug residue.